Фамилия Парифонова — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд в ней слышится что-то иноязычное, но при разборе по составу всё становится на свои места: основа Парифон-, суффикс -ов, окончание -а. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: фамилия образована от имени или прозвища отца. Значит, предка носительницы фамилии звали Парифон.

Самая вероятная версия — что Парифон это народная, диалектная форма канонического крестильного имени Порфирий. В русских говорах, особенно на севере и в центральных областях, звук «р» и «ф» часто менялись местами или заменялись: Порфирий легко превращался в Парфир, Парфён, а затем и в Парифон. К тому же имя Порфирий (от греческого «порфира» — пурпур, багряница) было нередким в купеческой и мещанской среде, а в народе его переделывали до неузнаваемости. Подтверждение этой версии — существование фамилий Парифинов, Парфёнов, Парфенов, которые явно восходят к тому же корню.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит прозвище, связанное с каким-то местным словом. В некоторых говорах «парифонить» могло означать «говорить невнятно, бормотать» или «наряжаться, франтить» (ср. диалектное «парафиниться» — чиститься, прихорашиваться). Однако для фамилии на -ов такое прозвище было бы нехарактерно — обычно прозвища давали напрямую, без суффикса, а здесь мы видим чёткую патронимическую форму. Поэтому версия с именем Порфирий остаётся основной.

Фамилия Парифонова по географии встречается крайне редко, в основном на территории бывшей Российской империи, в центральных и северных губерниях. Судя по модели, это не дворянская и не старинная княжеская фамилия — она характерна для крестьян, мещан или духовенства (священники нередко получали фамилии от имён, но в таком просторечном варианте — редкость). Скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми, а фамилию закрепили в XIX веке при переписях, записав отца по имени Парифон.