Фамилия Патифонов — тот случай, когда внешне прозрачная форма обманчива, а корень уводит в сторону от очевидных ассоциаций. На первый взгляд кажется, что в основе лежит что-то связанное с «патиной» или «патентованным», но это ложный след. На самом деле перед нами отчество, образованное от прозвища или неканонического имени Патифон.

Самый вероятный источник — диалектное слово «патифон», которое в некоторых говорах означало «растяпа», «неуклюжий человек» или «простофиля». Такие прозвища по характеру или поведению были обычным делом в крестьянской среде: человека награждали метким словом, и оно закреплялось за его потомками. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Патифонов, то есть сын или внук Патифона.

Менее распространённая, но заслуживающая внимания версия связывает фамилию с искажённым церковным именем Пафнутий. В народном произношении сложные греческие имена нередко упрощались: Пафнутий мог превратиться в Пахнутия, а затем, через перестановку звуков, — в Патифона. Если это так, то фамилия восходит к имени святого, но прошла через долгий путь бытовой трансформации.

Фамилия редкая, не встречается в списках дворянских родов и не фиксируется в крупных исторических переписях центральных губерний. Географически она тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где диалектная лексика была особенно богата. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами, а прозвище дали за какую-то заметную черту — неловкость, рассеянность или, наоборот, простодушие.

С точки зрения словообразования фамилия проста и архаична: основа без дополнительных суффиксов, прямое притяжательное окончание. Это говорит о том, что она сложилась не позднее XVII — начала XVIII века, когда модель «прозвище + -ов» уже была основной для русского простонародья. Сравните с однокоренными аналогами — Патифонов звучит в одном ряду с Широковым, Косовым, Неустроевым: все они образованы от бытовых характеристик человека.