Фамилия Пархушев образована от прозвища или нецерковного имени Пархуш. Это характерный пример восточнославянской модели фамилий на -ев, которая присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий. В основе лежит разговорная форма крестильного имени Парфений (от греческого «парфенос» — девственник, целомудренный). В русском быту это имя давали редко, зато его производные — Парха, Парша, Пархун, Пархуш — встречались часто, особенно в северных и центральных губерниях.

Корень «Парх-» породил целое гнездо фамилий: Пархаев, Паршин, Парфёнов, Пархутин. Пархушев стоит здесь особняком из-за редкого суффикса -уш-. Такая модель (имя + -уш + -ев) типична для уменьшительно-ласкательных форм: Пархуш — буквально «маленький Парха» или «Парфений, которого ласково зовут». В ономастике этот способ словообразования называют патронимическим с экспрессивным суффиксом, и он говорит о том, что прозвище закрепилось за человеком в быту, а не в официальных переписях.

По географии фамилия Пархушев редкая. Основные очаги — Архангельская область и север Удмуртии, что косвенно указывает на миграцию поморского населения в XVIII–XIX веках. Встречается также в Вологодской и Кировской областях, но единично. Сословной привязки нет: Пархушевы могли быть и крестьянами, и мещанами, и священниками — имя Парфений часто давали в духовных семьях, но в простонародье оно трансформировалось в Пархуша безотносительно к сану.

Спорных версий происхождения две. Первая — от диалектного «пархушка» (неопрятный человек, грязнуля) — маловероятна, так как в говорах это слово фиксируется поздно и локально. Вторая — от тюркского «бархуш» (счастливый) — не выдерживает критики: суффикс -ев однозначно указывает на славянскую патронимическую модель, а не на заимствование. Надёжнее считать, что Пархушев — это «сын Пархуша», а Пархуш — домашнее имя Парфения, которое носил конкретный человек в XVI–XVII веках.