Фамилия Парнюгин образована от прозвища Парнюга, которое восходит к аналогичному нарицательному. В словаре Владимира Даля оно трактуется как «парень, молодой человек». Вполне вероятно, что основатель рода Парнюгиных обладал чертами характера, свойственными для юношеского возраста — например, задором, горячностью или эмоциональностью. Однако у этого прозвища есть и второе прочтение, которое добавляет истории фамилии неожиданный поворот.

Не исключено, что прозвище Парнюга восходит к глаголу «парневать», то есть «быть холостяком». Исходя из этого, можно предположить, что родоначальник Парнюгиных долго не женился, оставался бобылём, за что и получил своё именование. В крестьянской среде, где брак был делом не только личным, но и хозяйственным, взрослый неженатый мужчина всегда обращал на себя внимание соседей — и такое прозвище могло закрепиться за ним как наиболее употребительное именование.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и характерна для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Парнюгин — значит «сын Парнюги», потомок человека с прозвищем Парнюга. Такой тип фамилий был широко распространён в северорусских и поволжских говорах, где уменьшительно-усилительная форма -юга (-юга) встречалась особенно часто. Кстати, эта же модель дала жизнь фамилиям вроде Ветрюгин или Борзюгин, но Парнюгин стоит в этом ряду особняком: её основа напрямую связана с возрастом и семейным положением человека.

Со временем прозвище Парнюга легло в основу фамилии Парнюгин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Парнюга, со временем получил фамилию Парнюгин. Сегодня она встречается в разных регионах России, но чаще всего — в областях верхней Волги и Приуралья, куда в XVII–XVIII веках активно переселялись крестьяне из северных уездов. В документах тех лет фамилия фиксировалась в разных написаниях — Парнюгин, Парнюков, Парнюхин, — что отражает живую народную традицию образования прозвищ от одного корня.