Фамилия Пасынкеева отталкивается от слова, которое в древнерусском быту звучало резко и обидно, — «пасынок». В прямом смысле это неродной сын, ребёнок мужа от первого брака или приёмный. Но в крестьянской среде слово получило и переносное значение: пасынком называли нелюбимого, обделённого наследника, того, кого «оттерли» от хозяйства. Прозвище Пасынок давали человеку, который рос без отца, жил в чужой семье или просто был обойдён судьбой и роднёй.

Сама фамилия образована по самой массовой русской модели: от прозвища Пасынок через притяжательное прилагательное «Пасынков» (чей? — Пасынков сын) и далее — добавлением суффикса -ев. Здесь важно написание: в исходной форме прозвища (Пасынок) основа заканчивается на «к», который при добавлении суффикса -ев чередуется с «ч», но в фамилии закрепился вариант с «к»: Пасынкеев. Такое написание не редкость — оно встречается у фамилий, образованных от прозвищ на -ок: Жучок — Жучкеев, Пучок — Пучкеев. Форма на -еев, а не -ов, указывает, что основа прозвища была мягкой или на «к» (сравните: Кузнецов — от Кузнец, но Пасынкеев — от Пасынок).

По географии фамилия Пасынкеева тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к бывшим Тульской, Рязанской и Орловской губерниям. Там слово «пасынок» в значении «приёмыш» было особенно ходовым. Встречается и однокоренная фамилия Пасынков — она старше по форме и распространена шире. Пасынкеева — более редкий вариант, который мог закрепиться из-за местного говора или ошибки писаря, записавшего прозвище на слух.

Сословного барьера у фамилии не было: Пасынкеевы встречались и среди крестьян, и среди однодворцев (особенно в Тульской губернии), и в купечестве. Но в основе — всегда история про человека, который не был своим по крови, но нёс эту фамилию как память о начале рода.