Фамилия Пасюнин — редкий пример, где корень не очевиден, зато суффикс подсказывает почти всё. Модель образования здесь типично русская: основа на твёрдый согласный плюс суффикс -ин, который в древнерусском языке указывал на принадлежность. Пасюнин буквально значит «сын Пасюни» или «человек из рода Пасюни». Вопрос упирается в то, что такое или кто такой Пасюня.

Самая правдоподобная версия отталкивается от канонического имени Павел. В народной речи имя Павел давало множество уменьшительных форм: Паша, Павлюня, Пася, а Пасюня — естественный гипокористик от Пася с суффиксом -юн(я), характерным для северных и сибирских говоров (сравните: Васюня от Василий, Митюня от Дмитрий). Таким образом, Пасюнин — это «Павлов сын», только в неожиданной диалектной огласовке. Менее вероятна, но допустима связь с диалектным словом «пасюк» — так в некоторых областях называли крысу или хомяка. Прозвище Пасюня могли дать человеку с мелкими чертами лица или суетливому, но эта версия слабее, поскольку прозвища от названий грызунов в русской антропонимии встречаются редко и обычно имеют другую суффиксацию (Крысин, Мышкин).

Географически фамилия Пасюнин почти не встречается за пределами центральной России и Поволжья. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, основные очаги — Костромская, Нижегородская и Кировская области, что косвенно подтверждает северное происхождение суффикса -юн(я). В дворянских родословных книгах Пасюнины не значатся: это крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась в эпоху массового присвоения фамилий после отмены крепостного права в 1861 году. Тогда многих крестьян записывали просто по имени отца, и если отца звали Пасюня (в быту), сын автоматически становился Пасюниным.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века фамилию могли записать через «о» — Посюнин, что объясняется акающим произношением в ряде говоров. Но написание с «а» победило, так как оно ближе к исходной форме имени Павел. Фамилия редкая и не имеет известных тёзок-знаменитостей, что только подчёркивает её локальный, «домашний» характер.