По одной из версий, Паценкер — это еврейский вариант украинской фамилии Паценко. Она образована от прозвища Паца, которое, по одной из версий, происходит от украинского слова «паця» - «поросенок». Вполне возможно, что так называли человека, чем-либо напоминавшего это животное. Согласно другой гипотезе, прозвище Паца восходит к глаголу «пацати», который переводится на русский язык как «ударять, бить ладонью; касаться или хватать руками». В таком случае Пацей могли прозвать раздражительного, вспыльчивого мужчину. Однако суффикс -ер в еврейских фамилиях часто использовался для образования именований по месту жительства, то есть образованные с его помощью фамилии часто указывали на ту местность, выходцем из которой был родоначальник. В таком случае можно предположить, что существовал населенный пункт Паценко или Паценка, от которого и пошла эта фамилия.