Фамилия Пайдугина — женская форма фамилии Пайдугин, и её происхождение стоит искать не в очевидных русских корнях, а на стыке языков и культур. Основа фамилии — слово «пайдуг» или «пайдук», которое в русских говорах и соседних языках имеет несколько значений. Самая вероятная версия связывает её с тюркским или кавказским словом «пайдук» (вариант «байдук») — так называли беглого крестьянина, вольного человека, ушедшего в горы или степи. В славянской среде это слово приобрело оттенок «удалец», «разбойник» или «повстанец», особенно в контексте казачьей вольницы и южнорусских земель. Таким образом, Пайдугин — это не «сын Пайдуга», а скорее «потомок того, кого прозвали Пайдугом» за его независимый или бунтарский нрав.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность к роду: «чей?» — Пайдугин, то есть из семьи Пайдуга. Эта модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а, -я. Само прозвище Пайдуг могло закрепиться за человеком, который вёл себя как пайдук — беглый, непокорный, живущий вне закона. В русских диалектах, особенно на юге и юго-востоке, слово «пайдук» фиксируется в значении «гуляка», «сорванец» или «бродяга», что делает прозвище не столько криминальным, сколько бытовым — так могли назвать непоседливого или своевольного парня.

Географически фамилия Пайдугин (и Пайдугина) тяготеет к регионам, где исторически пересекались славянские и тюркские миры: Поволжье, Урал, Сибирь. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании. Возможно, предки носителей фамилии были из казачьих или крестьянских семей, которые осваивали окраины государства, и прозвище закрепилось за одним из переселенцев. Другие версии, например, связь с финно-угорскими языками (где «пай» — доля, часть) или с личным именем Пайдуг (как вариант имени Пайдей) — менее убедительны, так как не объясняют суффикса -уг, который в русской антропонимии редок.

В итоге фамилия Пайдугина — это не простая отыменная фамилия, а ономастический след, ведущий к прозвищу, которое отражало характер или судьбу человека: вольного, непокорного, ушедшего от обычной жизни.