Фамилия Пайдуганова — женская форма фамилии Пайдуганов, и её разбор стоит начать с неочевидного корня. Основа «Пайдуган» (или «Пайдуган») не имеет прямых параллелей в русских антропонимических словарях, что сразу указывает на её нерусское, скорее всего тюркское, происхождение. Словообразовательная модель типична для русских фамилий Поволжья и Приуралья: тюркское прозвище или имя плюс русский патронимический суффикс -ов/-ев, который затем «обрусел» окончательно, добавив окончание -а для женского рода.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово, близкое к «бай» (богатый, господин) и «туган» (родственник, родич, или же «сокол» в некоторых диалектах). Пайдуган могло означать «богатый родич» или «господин-сокол» — прозвище, данное человеку по социальному положению или охотничьим навыкам. Менее вероятна, но возможна версия от «пай» (доля, часть) и «туган» — «имеющий долю», то есть владелец надела. В любом случае, это не крестильное имя, а мирское прозвище, которое закрепилось за родом.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к казачьим областям Урала, где смешение русских и тюркских элементов было обычным делом. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Пайдугановы встречаются редко, что говорит о позднем закреплении фамилии (вероятно, в XVIII–XIX веках) и её локальном бытовании. Сословно предки, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами, а не дворянами, — фамилия не попала в «Бархатную книгу» или Гербовник.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. В разных семьях говорят Пайдуганов или Пайдуганов. Первый вариант (с ударением на второй слог) ближе к тюркскому прочтению, где «ду» — ударный слог. Второй вариант — результат «обрусевания», когда ударение сместилось на третий слог по аналогии с русскими фамилиями на -ганов (например, Толганов). Единого правильного варианта нет, но лингвисты считают более архаичным ударение на «ду».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пайдусов, Паймурзин, Пайгачкин — подтверждает, что «Пай-» — частый начальный компонент в фамилиях тюркского происхождения, означающий нечто связанное с достатком или положением. Таким образом, Пайдуганова — это не случайное сочетание звуков, а фамилия, которая хранит память о социальном статусе предка, жившего в зоне культурного пограничья.