Фамилия Пайдыганова — один из тех редких случаев, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии. В её основе лежит топоним Пайдыганово — название деревни, которая существовала в Мосальском уезде Калужской губернии (ныне территория Калужской области). Жителей такой деревни или выходцев из неё в документах могли записать как «Пайдыганов», то есть «из Пайдыганова». Форма на -ова — женская, принадлежность жены или дочери Пайдыганова, но в современном употреблении это уже фамилия, закреплённая за женщиной, а не отчество.

Сам топоним, скорее всего, восходит к прозвищу или некалендарному имени Пайдыган. Корень здесь — тюркский: «пай» (доля, часть, счастье, почёт) и «дыган» (в диалектах — «сказавший», «говорящий»). Буквально — «сказавший долю» или «определивший часть». В среде служилых татар или крещёных тюркских народов, которые нередко селились на южных и юго-западных рубежах Московского государства, такое прозвище могло означать человека, распределявшего добычу, пайщика или глашатая на сходе. Фамилия, образованная от географического названия с таким корнем, указывает на то, что основатель рода когда-то владел или основал это селение.

Суффикс -ов в мужском варианте Пайдыганов — стандартный русский патронимический формант, который «приклеился» к тюркской основе уже на русской почве. В отличие от фамилий на -ин или -ский, здесь нет указания на принадлежность конкретному лицу (сын Пайдыгана), а скорее — на фамилию по месту жительства, что для центральных и южных губерний России было обычной практикой. Деревня Пайдыганово не сохранилась — она исчезла в XX веке, но фамилия осталась и встречается в Калужской, Московской и соседних областях, редко — за Уралом.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Пайдыганов стоит в одном ряду с Паймурзиным, Пайзулаевым, Паймановым — все они несут тюркский компонент «пай» и указывают на южные или восточные корни предков. Однако именно форма Пайдыганова — с топонимическим суффиксом и характерным окончанием — выдаёт не просто тюркское происхождение, а прямую связь с конкретным местом в Калужской земле, где в XVI–XVII веках селились служилые татары и выходцы из Казанского ханства.