Фамилия Падыганова — женская форма мужской фамилии Падыганов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Падыган. Это редкая фамилия, и её корни стоит искать не в центральных губерниях России, а на окраинах, где смешивались языки и диалекты.

Вероятнее всего, прозвище Падыган связано с тюркскими языками. В татарском, башкирском или казахском языках есть основа «пады» или «батыр» — «герой», «богатырь», «силач». Суффикс «-ган» в тюркских языках часто образует причастия или имена со значением «тот, кто делает»: батырган — «тот, кто делает геройским», «наделяющий силой». Таким образом, Падыган могло означать «сильный», «могучий», «богатырь». Со временем тюркское имя или прозвище обрусело, получив типичный русский патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («сын Падыгана»).

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — славянская. В русских говорах (особенно сибирских и уральских) есть слово «падыгать» — «падать», «упасть», «шататься». Тогда Падыган — прозвище неуклюжего, неловкого человека, который часто падает. Однако такая этимология встречается реже, так как суффикс «-ан» в русских прозвищах (ср. Горлан, Криван) обычно даёт более грубую или уничижительную окраску, а в фамилии Падыганов этого оттенка не чувствуется.

Фамилия географически привязана к Поволжью и Южному Уралу, где исторически сильны тюркские влияния. Носители фамилии Падыгановы — это, скорее всего, потомки крещёных татар, башкир или мишарей, которые в XVI–XVIII веках переходили в православие и получали русские фамилии по имени отца. Встречается фамилия и у русских, но с тем же тюркским следом в родословной.

Мужская форма — Падыганов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Пады́ганов, хотя в разговорной речи возможны варианты. Фамилия очень редкая, в списках массовых русских фамилий не значится, что делает её уникальным маркером для генеалогического поиска.