Фамилия Пайдыганов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы её понять, нужно отвлечься от привычного поиска славянских корней и обратить внимание на тюркское наследие. Наиболее вероятная версия: в основе фамилии лежит тюркское мужское имя Пайдыган (или Байдыган). В тюркских языках «бай» означает «богатый, господин», а вторая часть может восходить к слову «дыган» (или «тиган») — «подобный, равный». Таким образом, имя Пайдыган могло означать «подобный господину» или «равный богатому» — почётное прозвище, которое давали с пожеланием благополучия и уважения в обществе.

Фамилия образована по русской модели: к основе Пайдыган добавили патронимический суффикс -ов. Это значит, что Пайдыганов — буквально «сын Пайдыгана». Такое оформление характерно для фамилий, которые возникали у крещёных татар, башкир, казахов и других народов, входивших в состав Российской империи, когда личное тюркское имя «обрусевало» с помощью стандартного суффикса. Следовательно, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком тюркского происхождения, которого в документах записали по отцу — Пайдыгану.

Встречаются варианты написания Пайдыганов и Байдыганов, что связано с неустойчивостью передачи тюркского звука «б» через русское «п» в разных диалектах и при записи на слух. Географически фамилия тяготеет к Поволжью, Уралу и Западной Сибири — регионам, где исторически было сильное татаро-башкирское влияние и часто встречаются фамилии на -ов от тюркских имён.

Среди однокоренных можно назвать фамилию Пайдыган (без суффикса), а также более известную Байдыганов. В отличие от многих фамилий, образованных от названий ремёсел или профессий, Пайдыганов напрямую указывает на личное имя предка, что делает её историю прозрачнее — она не про занятие, а про человека, которого уважительно называли «равным господину».