Фамилия Пайдуганов редкая и, скорее всего, имеет тюркское происхождение. Её основа — слово «пайдуган». В тюркских языках, в частности в татарском и башкирском, «пай» означает «доля», «часть», а «дуган» или «туган» — «родственник», «родич». Таким образом, «пайдуган» могло означать «родственник по доле» или «сородич, имеющий общую долю» — то есть человек, связанный с другими общим имуществом или наследством. В русской среде это прозвище или имя закрепилось с помощью патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность: Пайдуганов — сын Пайдугана.

Вторая версия менее вероятна, но её стоит упомянуть. В некоторых говорах «пайдуганом» могли называть бродягу или человека, живущего «на паях» — вскладчину, без постоянного дома. Это прозвище могло прикрепиться к человеку, который часто менял место жительства или работал артельно. Однако первая версия — с тюркским корнем и значением «родич по доле» — выглядит убедительнее, так как фамилия встречается преимущественно в регионах Поволжья и Приуралья, где исторически сильны тюркские языки.

Географически фамилия Пайдуганов нечастотна. Основные очаги — Оренбургская область, Башкортостан и Татарстан. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или мещанами из смешанных русско-татарских или башкирских поселений. Сословная принадлежность невысокая — фамилия не дворянская, не купеческая, а народная, возникшая из прозвища или мирского имени.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень «пайдуган» плюс типичный русский суффикс принадлежности. Интересно, что в русской ономастике фамилии на -дуганов встречаются редко (сравните с Батуганов, Туганов), и Пайдуганов выделяется даже на их фоне. Если ваш предок носил такое прозвище, он мог быть человеком, который «делил долю» с роднёй или, наоборот, жил на отшибе, но в любом случае имя было ему дано не случайно — оно отражало его положение в общине.