Фамилия Пайдулаев — одна из тех, где разбор начинается не с корня, а с суффикса. Окончание -ев указывает на русскую модель образования: так оформляли фамилии от тюркских и кавказских имён, когда носитель переходил в русскую культуру или просто получал документы на русском языке. Суффикс присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный, и означает «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». В данном случае исходное имя — Пайдула.

Имя Пайдула — составное, арабско-тюркского происхождения. Первая часть «пай» (или «бай») в тюркских языках означает «богатый», «господин», «уважаемый человек». Вторая часть «дула» — это искажённое арабское «Аллах» (Бог). Получается: «богатство Аллаха», «раб Божий, отмеченный богатством» или «господин, данный Богом». Встречаются варианты написания Байдула, Пайдулла, Байдулла — это одно и то же имя, записанное на слух в разных регионах. Фамилия Пайдулаев, скорее всего, закрепилась у народов Северного Кавказа или Поволжья, где такие имена были распространены среди кумыков, ногайцев, татар или чеченцев.

Есть и бытовая версия, менее вероятная, но упоминаемая в устной традиции: «пай» могли связывать с долей, паем (часть земли или имущества). Тогда Пайдула — «доля Бога», то есть человек, которому достался надел от Бога. Однако ономасты склоняются к первому толкованию: имя Пайдула — это аналог арабского имени Абдулла, но с тюркским «усилителем» в начале.

Социально фамилия Пайдулаев не указывает на принадлежность к дворянству или духовенству. Чаще всего её носили крестьяне, ремесленники или воины, принявшие русское подданство. Примечательно, что фамилия сохранила исходное ударение на последнем слоге (Пайдула́ев), что типично для тюркских заимствований, не обрусевших до конца. В документах XIX века встречаются написания Пайдулаевъ и Байдулаевъ — путаница из-за того, что звонкий «б» на слух воспринимался как глухой «п» в русской записи.