Фамилия Пайнова — женская форма, а её исходная мужская версия — Пайнов. Чтобы понять происхождение, достаточно посмотреть на суффикс: -ов указывает на типичную русскую модель «чей?» — то есть сын или потомок человека по прозвищу Пайн. Основа здесь — не имя, а прозвище, и в этом ключевая особенность фамилии.

Самая вероятная версия связывает Пайна с диалектным словом «пай» — доля, часть, надел. В северных и сибирских говорах «пай» означал не только долю в имуществе, но и участок земли, выделенный крестьянину. Соответственно, Пайном могли прозвать человека, который получил свой надел, или того, кто строго следил за справедливым дележом. В таком случае фамилия Пайнов — это указание на хозяйственный статус предка, на его связь с земельным переделом, а не на личное качество.

Вторая, менее распространённая гипотеза выводит Пайна из тюркских языков, где «пай» — богач, знатный человек (ср. казахское «бай»). При переходе в русскую речь «бай» могло перейти в «пай» из-за оглушения начального согласного в соседних диалектах. Тогда Пайнов — потомок зажиточного или уважаемого человека, возможно, из татарских или башкирских родов, перенявших русскую фамильную модель.

Географически фамилия Пайнова не привязана к одной области — она встречается и в центральной России, и в Поволжье, и на Урале. Это косвенно подтверждает, что корень мог быть и славянским, и заимствованным: в разных регионах прозвище возникало независимо. Фамилия редкая, поэтому искать её носителей в старых боярских списках не стоит — скорее всего, это крестьянская или посадская фамилия, закрепившаяся в XVII–XIX веках, когда прозвища стали передаваться по наследству.