Фамилия Пайсин ведет свое начало от прозвища Пайса. Оно, вероятно, образовано от эстонского слова pais, которое в переводе на русский язык означает «запруда», «плотина». Вполне возможно, что это прозвище отражало место жительства основателя рода. Согласно другой гипотезе, прозвище Пайса восходит к топониму Peise. Это местечко, которое в прошлом находилось возле Кенигсберга в прежней Восточной Пруссии. В таком случае основатель рода Пайсиных мог состоять здесь на службе. Не исключено также, что прозвище связано с польским словом pisac, то есть «писать». Исходя из этого, можно предположить, что оно относилось к так называемым «профессиональным» именованиям и указывало на род деятельности предка: он мог быть клерком. Наконец, существует предположение, что фамилия Пайсин к греческому pais, что означает «мальчик», «юноша». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пайса, со временем получил фамилию Пайсин.