Фамилия Пайсин — редкий пример того, как короткое прозвище может породить сразу несколько версий происхождения, и ни одна из них не выглядит заведомо ложной. В основе фамилии лежит личное прозвище Пайса, а суффикс -ин указывает на принадлежность: Пайсин буквально значит «сын Пайсы», «из рода Пайсы». Такая модель типична для русских фамилий, но сам корень здесь не славянский, что и делает историю фамилии запутанной.

Самая правдоподобная версия связывает прозвище с эстонским словом pais — «запруда», «плотина». В этом случае Пайсой могли назвать человека, жившего у плотины или запруды, либо того, кто строил и обслуживал такие сооружения. Для северо-западных русских земель, где контакты с эстонским населением были обычным делом, такое заимствование вполне естественно.

Вторая гипотеза отсылает к топониму Peise — местечку, которое находилось возле Кёнигсберга в Восточной Пруссии. Если предок Пайсиных действительно происходил оттуда или служил в тех краях, прозвище могло закрепиться за ним по месту жительства или службы. Эта версия объясняет появление фамилии в русской среде через военную или административную службу, но доказательств у неё не больше, чем у первой.

Менее убедительно выглядит связь с польским pisać — «писать». Сторонники этой версии видят в Пайсе «профессиональное» прозвище писца или клерка. Но фонетически польский глагол дал бы скорее основу Пис-, а не Пайс-, поэтому эта гипотеза кажется натянутой. То же можно сказать о предположении, что Пайса восходит к греческому pais — «мальчик», «юноша». Греческое влияние на русские прозвища обычно шло через церковные имена, а здесь мы имеем дело с мирским прозвищем, так что и эта версия остаётся лишь экзотическим допущением.

Если выбирать между версиями, эстонская выглядит предпочтительнее: она объясняет и форму слова, и его бытовой смысл. Прозвища, отражающие место жительства или ландшафт, — один из самых древних и распространённых типов именований, и Пайса в этом ряду смотрится органично.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: русские фамилии формировались постепенно, начиная с XVI века, и процесс этот растянулся на несколько столетий. Но сам факт, что прозвище Пайса не забылось, а превратилось в устойчивую фамилию, говорит о том, что родоначальник был заметной фигурой в своей общине — иначе его бы не прозвали, а если бы прозвали, то вряд ли бы запомнили надолго.