Фамилия Печерера — редкий случай, когда географическая привязка к конкретному региону почти наверняка решает загадку происхождения. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, окончание -ера выдает в ней адаптированную форму иноязычной фамилии, скорее всего, итальянской. Наиболее правдоподобная версия связывает её с топонимом Печере (Pecere) — так называется коммуна в итальянской провинции Палермо, на Сицилии. Прибавив суффикс -ера (в итальянском часто указывает на жителя или выходца откуда-то), получаем Печерера — «тот, кто из Печере». Фамилия могла возникнуть как прозвище переселенца, который указал место своего рождения или прежнего жительства.

Менее вероятна, но возможна связь с итальянским словом «pecora» — овца. В таком случае Печерера могла быть прозвищем пастуха или торговца овцами. Однако против этой версии говорит фонетика: «pecora» дало бы скорее фамилию Пекорра или Пекорьеро, а не Печерера.

На территорию бывшей Российской империи фамилия могла попасть несколькими путями. Самый очевидный — через итальянских специалистов (архитекторов, инженеров, художников), которых приглашали в Россию в XVIII–XIX веках, особенно на юг, в Новороссию и Крым. Второй путь — через греков и албанцев (арнаутов), переселявшихся из итальянских колоний в Причерноморье. В этом случае фамилия могла быть записана на слух русским чиновником или писцом, что объясняет её необычное для русского уха окончание.

В русском языке фамилия не склоняется по падежам, если принадлежит мужчине, и не склоняется вовсе, если женщине: Иван Печерера, Анна Печерера. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Печере́ра, как это свойственно итальянским фамилиям в русской передаче.

Из-за редкости фамилии в России и странах бывшего СССР её носители, вероятно, являются потомками одной или нескольких семей, осевших в определенной местности. Поиск по архивам южных губерний (Херсонской, Таврической, Екатеринославской) может дать результат быстрее, чем попытки найти корни в центральной России.