Фамилия Педрюковская — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любую другую версию происхождения. Её основа — не имя, не ремесло, а топоним: название населённого пункта вроде Педрюки, Педрюково или Педрюковка. Такие «географические» фамилии на -ский/-цкий в Восточной Европе чаще всего получали дворяне по названию своего поместья, но в реальности их носили и простые люди, переселившиеся из одной деревни в другую и записанные по месту прежнего жительства.

Корень «Педр-» звучит непривычно для русского уха и сразу наводит на мысль о заимствовании. Самая прямая версия — что он восходит к имени Пётр через западнорусские или украинские диалекты. В этих говорах имя Пётр нередко давало формы вроде Педро, Педрик, Педрусь, а от них уже образовывались прозвища и фамилии. Модель «Педрюк» (как Петрюк, Павлюк, Васькюк) — типичный украинский или белорусский патроним с суффиксам -юк, означающим «сын Петра» или «потомок Петра». Фамилия Педрюковский тогда — это вторичная форма, «выходец из семьи Педрюков».

Менее вероятная, но возможная версия — литовский след. В литовском языке есть слово «pedra» (след, подошва) и фамилии вроде Pedraitis, Pedrius. Если предки жили на территории бывшего Великого княжества Литовского (современные Беларусь, Литва, запад России), фамилия могла возникнуть из прозвища, данного по походке или обуви. Однако суффикс -юк всё-таки скорее указывает на восточнославянскую, а не балтскую модель.

Написание через «е» (Педрюковская, а не Пидрюковская) — признак того, что фамилия фиксировалась в русской орфографии, скорее всего, в XIX веке при переписях. В украинских документах она могла бы выглядеть как Підрюковська, но в российских метрических книгах «и» под ударением заменили на «е» по церковнославянской традиции. Искать носителей этой фамилии стоит в первую очередь на западе Брянской или Смоленской областей России, а также в восточной Беларуси — именно там пересекаются ареалы украинских фамилий на -юк и русского окончания -ский.