Фамилия Пенчура звучит необычно, и первое, что приходит в голову, — связь со словом «пень». Так оно и есть, но с важной оговоркой: прозвище Пенчура вряд ли дали просто так, из-за внешнего сходства с пнем. Скорее всего, так называли человека по роду занятий — того, кто расчищал участок леса под пашню или под строительство жилища. Выкорчевать пни вручную — тяжелейший труд, и мастер такого дела вполне мог получить прозвище, которое затем закрепилось за его потомками.

В пользу этой версии говорят и названия лесопунктов Пенчура в Архангельской и Вологодской областях. Топонимы нередко сохраняют старые прозвища и фамилии первопроходцев или отражают сам характер местности, где лесное дело было главным промыслом. Если поселок назвали Пенчурой, значит, слово было в ходу у местных жителей и имело конкретный, бытовой смысл, связанный с лесом и корчевкой.

Менее вероятно, что прозвище Пенчура образовалось от переносного значения слова «пень» — так могли назвать несообразительного, туповатого человека. Такая версия тоже имеет право на существование, но она слабее. Прозвища с уменьшительно-пренебрежительным суффиксом -ур- в русских говорах чаще указывали на деятельность или характерную черту, а не на простое сравнение с предметом. К тому же, если бы речь шла о недостатке ума, фамилия вряд ли бы закрепилась в северных говорах, где слово «пенчура» имело конкретное хозяйственное значение.

Сама модель образования фамилии — от прозвища без добавления суффикса принадлежности — типична для украинских и южнорусских земель, но в случае с Пенчурой мы видим северный след. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть независимо в разных регионах, но корень у нее один — тот самый пень, вокруг которого строилась жизнь лесного края.