Фамилия Пениус — редкий для России пример фамилии, образованной от латинского корня. В основе лежит латинское слово «penis» (хвост, а в анатомическом смысле — мужской половой орган). Однако не стоит спешить с выводами: в русской ономастике такие фамилии почти никогда не несли неприличного смысла, а указывали либо на профессию, либо на прозвище, связанное с формой или функцией.

Скорее всего, фамилия Пениус имеет семинарское происхождение. В XVIII–XIX веках в духовных училищах и семинариях будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии на латинский манер. Корень «penis» могли переосмыслить как «перо» (лат. penna) или связать с письмом — отсюда и фамилия Пениус, то есть «пишущий», «относящийся к перу». Такая версия подкрепляется тем, что семинарские фамилии часто были искусственными, книжными и не имели бытового прозвищного смысла.

Вторая версия — фамилия могла возникнуть как прозвище человека с характерной внешностью (длинный нос, худоба, что в народе могли сравнить с «хвостом»). Но в русской традиции такие прозвища редко оформлялись суффиксом -ус, типичным для латинизированных фамилий. Поэтому семинарское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Пениус встречается крайне редко. Основные очаги — западные регионы России и Беларусь, где было сильнее влияние польского католического образования, а также Прибалтика. Встречаются единичные носители в Москве и Санкт-Петербурге, но массового распространения фамилия не получила.

По словообразовательной модели это типичная фамилия на -ус, что характерно для искусственных фамилий духовенства (сравните: Феликс, Кандиус, Палладиус). Суффикс -ус указывает на латинское происхождение, а не на славянскую патронимическую традицию (как -ов или -ин).

Таким образом, Пениус — это, вероятнее всего, книжная фамилия, данная выпускнику семинарии или учителю, связанная с письмом или пером. Носители этой фамилии могут считать своих предков людьми образованными, имевшими отношение к церковной или учебной среде.