Фамилия Пенникова — женская форма от Пенников, и её происхождение уходит корнями в прозвище или профессиональное занятие предка. Основа фамилии — слово «пенник», которое в русских говорах имело несколько значений. Самое вероятное: «пенник» — это либо человек, варивший или продававший пенное пиво (от «пена»), либо, по другой версии, ремесленник, работавший с пеной — например, сбивавший масло или занимавшийся мыловарением, где пена — ключевой элемент процесса. В словаре Владимира Даля «пенник» также упоминается как название старой хлебной меры, но прозвище от ремесла выглядит более органичным для фамилии.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»). То есть Пенников буквально означал «сын Пенника» или «человек из рода Пенника». Суффикс -а в женской форме — стандартное окончание для фамилий этого типа.

Интересно, что фамилия Пенников (и её женский вариант) встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Это косвенно подтверждает версию о пивоварении: в этих краях было распространено домашнее и ремесленное производство хмельных напитков. Встречается также вариант Пенникова с ударением на первый или второй слог — в разных говорах ударение могло смещаться, что не меняет сути.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пенкин, Пеняев, Пенский — показывает, что Пенников стоит особняком: если Пенкин мог произойти от прозвища «Пенька» (конопля), то Пенников чётко привязан к «пеннику» как к лицу. Это делает фамилию более конкретной в профессиональном смысле. Носительницы фамилии Пенникова могут с высокой вероятностью считать, что их предок был связан с пивным или мыловаренным ремеслом, хотя точная отсылка теряется в глубине XVI–XVII веков.