Фамилия Пеник — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В первую очередь она отталкивает от созвучия с «пень», но это ложный след: основа здесь не русская, а западнославянская или балтийская.

Самый вероятный путь — от польского или белорусского прозвища Pienik (польск. pienić się — «пениться», «бурлить»). Так могли назвать вспыльчивого, горячего человека или того, кто много и шумно спорил. В польском языке слово pienik также означало «пенитель» (например, пива), что указывает на возможную связь с пивоварением или торговлей хмельными напитками. Суффикс -ик в этой модели — типичный уменьшительный или прозвищный, он не указывает на отчество, а фиксирует характер или занятие.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная в южных регионах — от украинского пеник (производное от піна — «пена»). В украинских говорах это слово могло обозначать рыбу с пеной у рта (например, налима в нерест) или же человека, который «пускает пену» от злости.

География фамилии узкая. Пеники встречаются на западе Украины (Волынь, Ровенщина), в Беларуси (Брестская область) и среди потомков переселенцев в Сибири. В России фамилия единична и часто возникает из-за ошибок при записи: например, еврейская фамилия Пейник (от идиш pejnik — «ротозей») могла превратиться в Пеник при русификации.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает прояснить картину. Пеник стоит в одном ряду с Пеников, Пеняк, Пенюк — все они восходят к той же глагольной основе. Но именно форма на -ик без патронимического суффикса выдает прямое прозвище, а не отчество. То есть предок носителя фамилии не был сыном Пени, а сам носил прозвище Пеник.

Сословной привязки нет: прозвище могли дать и крестьянину, и мещанину. В метрических книгах XIX века Пеники записаны в основном как мещане и крестьяне-однодворцы на территории бывшей Речи Посполитой.