Фамилия Пеняшина образована от прозвища Пеняша, и в её основе лежит глагол «пеншить» — в старых говорах он означал «с трудом жить, делать что-либо». Прозвище Пеняша, скорее всего, закреплялось за человеком, которому всё в жизни доставалось тяжело, через силу. Такого человека могли назвать и с сочувствием, и с лёгкой усмешкой, но само прозвище точно описывало его манеру существовать — не спеша, с натугой, через преодоление. От этого прозвища и пошла фамилия: потомок Пеняши со временем стал Пеняшиным, а женщина из этого рода — Пеняшиной.

Впрочем, есть и вторая версия, более неожиданная. Согласно ей, Пеняша — это народная, обиходная форма крестильного женского имени Пелагея. Имя это греческое и в переводе означает «морская». Такое переосмысление не редкость: в деревне сложные церковные имена часто переделывали на свой лад, чтобы легче было выговаривать. Пелагея превращалась в Палашу, Поляшу, а где-то — и в Пеняшу. Если так, то фамилия Пеняшина хранит память не о прозвище, а о женском имени, и родоначальницей фамилии могла быть женщина по имени Пелагея.

Какая из версий правдоподобнее — сказать трудно. Обе имеют право на существование, и ономастика знает немало случаев, когда одинаково звучащие фамилии возникали в разных семьях независимо друг от друга: у одних — от прозвища, у других — от имени. Важно другое: фамилия Пеняшина — редкая, и в ней отчётливо видна народная, не книжная основа. Она не связана ни с дворянскими родами, ни с известными историческими личностями, а потому почти наверняка возникла в крестьянской или мещанской среде, где прозвища и уменьшительные формы имён были обычным делом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пеняшина — это «дочь или жена Пеняши», и такая модель типична для северных и центральных русских говоров, где фамилии на -ин особенно распространены.