Фамилия Пеняжин — довольно редкая, и её разговорная форма с суффиксом -ин сразу указывает на основу: Пеняжа. В древнерусском языке «пенязь» (от лат. pecunia через польское посредничество) означало монету вообще, а чаще — мелкую деньгу. Отсюда и прозвище Пеняжа: так могли назвать человека, имевшего дело с деньгами — сборщика податей, менялу, ростовщика или просто прижимистого, расчётливого хозяина.

Важная деталь: суффикс -ин в фамилии Пеняжин — не отчества, а прозвищного происхождения («чей?» — Пеняжин сын). Это типично для северных и центральных русских земель, где модель на -ин так же распространена, как и на -ов. В отличие от фамилий вроде Пенязьков или Пенязев, форма Пеняжин подчёркивает, что основа — это именно личное прозвище, а не усечённое прилагательное.

Географически фамилия встречается в основном в бывших губерниях средней полосы — в рязанских, тамбовских, владимирских записях. Там слово «пенязь» ещё в XVII–XVIII веках было обиходным. Встречаются и варианты написания через «и»: Пиняжин — это следствие акающего произношения, когда безударное «е» звучало как «и».

Версия о происхождении от топонима (например, деревни Пеняжино) маловероятна: таких названий на карте почти нет, а если и есть, они вторичны — произошли от той же фамилии. Поэтому большинство носителей фамилии Пеняжин — потомки людей, которых в XVI–XVII веках окрестили «Пеняжей» за их денежные дела или характер.