Фамилия Пепенидзе — один из ярких примеров грузинской модели образования фамилий, где суффикс -дзе указывает на происхождение. В грузинском языке этот элемент буквально означает «сын» (как и русское -ович или английское -son). Поэтому любой носитель фамилии с окончанием -дзе — потомок человека по имени или прозвищу, от которого пошёл род.

Основа фамилии — «Пепен» — вызывает вопросы. Самое прямое объяснение лежит на поверхности: грузинское слово «пепена» (ფეფენა) означает «жар», «зной», «горячий пепел» или «искра». В таком случае прозвище Пепена могли дать человеку с горячим, вспыльчивым нравом, либо тому, кто работал с огнём — кузнецу, гончару, печнику. В быту грузины нередко награждали такими образными прозвищами, которые потом закреплялись за детьми.

Однако есть и вторая версия, менее очевидная. В некоторых диалектах грузинского и сванского языков слово «пепен» или «пепени» могло означать «бабочку» или «мотылька». Если так, то прозвище могло достаться человеку лёгкому, суетливому или, наоборот, любителю яркой одежды. В пользу этой версии говорит то, что фамилия не слишком распространена, а её носители встречаются в основном в западной Грузии — в регионе Гурия и Имерети, где такие диалектные формы более живучи.

Сословная принадлежность предков Пепенидзе не зафиксирована в общих справочниках. Скорее всего, это была фамилия крестьян или ремесленников, поскольку у княжеских и дворянских грузинских родов чаще встречались окончания -швили, -ани или -ули. Суффикс -дзе считается самым массовым и нейтральным: его носили и крестьяне, и священники, и мелкие дворяне.

Примечательно, что в русском языке фамилия почти не исказилась: её не стали адаптировать под русские суффиксы, как это часто делали с грузинскими фамилиями на Кавказе в XIX веке. Пепенидзе осталась узнаваемой именно как грузинская — с характерным ударением на последний слог и полным сохранением исконного звучания.