Фамилия Пепенин — редкая и неочевидная. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную цепочку, а не просто искать корень в современном русском языке.

В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Пепеня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пепенин — это «сын Пепени» или «человек из рода Пепени». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены (сравните: Пушкин, Ильин, Бородин). Само имя Пепеня, скорее всего, образовано от глагола «пепенить» или существительного «пепеня». В русских говорах, особенно в пермских и вятских, «пепеня» — это нечто мелкое, пустое, несерьёзное, иногда так называли маленького, тщедушного или суетливого человека. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «пепеня» в значении «пустой, вздорный человек» или «мелюзга».

Есть и другая, менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным «пепенить» — «медлить, копаться, делать что-то кое-как». В этом случае прозвище Пепеня могли дать нерасторопному или неряшливому работнику. Обратите внимание: фамилия не имеет ничего общего с «пеплом» или «пепсином», как может показаться на слух — это чисто разговорное, бытовое прозвище, которое закрепилось за родом.

Географически фамилия Пепенин преимущественно встречается в Кировской области и на Урале — в тех регионах, где были сильны архаичные говоры с таким словом. Встречается она и в списках староверов, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение. Сословная принадлежность носителей, скорее всего, была крестьянской или посадской: прозвища такого типа редко давали в дворянской среде.

Таким образом, ваш предок Пепеня — не мифический герой, а вполне конкретный человек, получивший уличное имя за свой характер или внешность. Фамилия сохранила звучание живой, нелитературной речи, и в этом её ценность для историка языка.