Фамилия Пепенцев — одна из тех, что вызывает вопросы уже при первом взгляде: уж очень необычная основа. В русских фамилиях корень «пепен-» встречается редко, и это сразу указывает на то, что перед нами не типичное «профессиональное» или «патронимическое» прозвище вроде Кузнецов или Иванов. Скорее всего, в основе лежит прозвище, данное по внешности, характеру или какой-то бытовой детали.

Самый вероятный источник — диалектное слово «пепень». В некоторых южнорусских и украинских говорах так называли пух, перхоть или что-то мелкое, невесомое, а также неряшливого, неопрятного человека (сравните с «пепел» — что-то лёгкое, рассыпчатое). Прозвище Пепень могли дать либо очень легкомысленному, «пустому» человеку, либо, наоборот, тому, кто ходил нечистым, в пыли и грязи. Фамилия образована по стандартной модели: к основе на мягкий согласный добавился патронимический суффикс -ев, то есть Пепенцев — буквально «сын Пепенца» (где Пепенец — уменьшительная или обласкательная форма от Пепень).

Менее вероятная, но тоже возможная версия — связь с глаголом «пепенить» (вариант «пепелить»), то есть жечь, превращать в пепел. В этом случае прозвище могло принадлежать человеку с горячим, вспыльчивым нравом или, например, угольщику, который выжигал древесный уголь. Однако такая трактовка встречается реже, так как фамилии с глагольной основой в чистом виде (без суффикса -л-) нехарактерны для русской ономастики.

Географически фамилия Пепенцев тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается она нечасто, и это говорит о том, что прозвище было локальным, не вышедшим за пределы одной-двух волн переселения. Сословных ограничений у фамилии нет: её могли носить как крестьяне, так и мещане, но в дворянские роды такие «простые» прозвища проникали редко. По сути, Пепенцев — это фамилия-загадка, которая сохранила в себе редкое диалектное слово, почти исчезнувшее из живой речи.