Фамилия Пепен — редкий случай, когда основа не даёт однозначной подсказки. В русской ономастике она стоит особняком: привычных суффиксов -ов, -ин, -ский нет, окончание нулевое, а корень не похож на славянский. Скорее всего, перед нами фамилия, которая пришла в русский язык из другой традиции и сохранила исходное звучание.

Самая вероятная версия — французское происхождение. Французская фамилия Pépin известна со Средневековья: её носили короли из династии Каролингов (Пипин Короткий, Пипин Геристальский). В основе лежит либо старофранцузское слово, означавшее «маленький», «кроха», либо германское имя с корнем «bib-» (дрожать, трепетать). В России фамилия Пепен могла появиться через потомков французских эмигрантов, гувернёров или военнопленных 1812 года, которые остались в стране и обрусели.

Есть и другая, менее вероятная, но возможная линия — тюркская. В ряде тюркских языков «пепен» означает «пятнистый», «рябой». Такое прозвище могли дать человеку с характерными чертами внешности. Однако для русской фамилии это скорее исключение: модель без суффикса не характерна для исконно русских прозвищ, которые обычно оформлялись как Пепенев или Пепенков.

С точки зрения словообразования, фамилия Пепен — это «застывшая» основа, которая вошла в русский быт без изменений. Такие фамилии часто указывают на позднее заимствование или на то, что предок был иностранцем. Географически Пепены встречаются в центральных регионах России, но спорадически — это редкая фамилия, и её носители, скорее всего, принадлежат к одному или нескольким разветвлённым родам.

Итог: если вы Пепен, ваши предки, вероятнее всего, имели французские корни и носили фамилию по имени или прозвищу, означавшему «маленький». Тюркская версия — экзотика, но полностью её сбрасывать со счетов нельзя, особенно если семейное предание говорит о южных или азиатских предках.