Фамилия Пепеняца — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Носители этой фамилии почти поголовно встречаются на западе Молдовы и в прилегающих районах Румынии, в исторической области Молдова. Это сразу указывает на румынскую или молдавскую языковую основу, а не на славянскую, что для русских фамилий нетипично.

Разберём словообразовательную модель. Фамилия оформлена по румынскому типу с суффиксом -ца (-aţa). В румынском языке суффикс -aţa (женский род) часто образует фамилии от прозвищ, имён или названий профессий, иногда с оттенком принадлежности или просто как фиксация прозвища. Основа «Пепен» — это, скорее всего, искажённое или диалектное «pepen» (дыня, арбуз). В румынском «pepene» — бахчевая культура. Прозвище Пепеня (или Пепен) могли дать человеку, который выращивал или торговал дынями и арбузами, либо же за внешнее сходство — например, за круглую форму головы или любовь к этой еде.

Версия с молдавским диалектом тоже правдоподобна: в говорах северной Молдовы слово «pepen» могло означать не только бахчу, но и нечто большое, неуклюжее, что давало прозвище медлительному или крупному человеку. Суффикс -ца в таком случае превращает прозвище в фамилию-прозвище, закреплённую за родом.

С точки зрения истории, Пепеняца — фамилия, которая не могла возникнуть в русской среде: у неё нет типичных русских суффиксов (-ов, -ев, -ин). Это значит, что предки носителя фамилии — выходцы из Молдавского княжества или Бессарабии, которые в разное время (особенно после присоединения Бессарабии к России в 1812 году) переселялись в южные губернии Российской империи или остались на своих землях. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её обладатели — потомки довольно компактной группы людей, вероятно, крестьянского или мещанского сословия, занимавшихся огородничеством или мелкой торговлей.

В написании «Пепеняца» заметна румынская графика: окончание -ца передаёт звук [цэ], который в русском языке не имеет однозначного аналога. Встречаются варианты Пепеняцэ (ближе к оригиналу) или Пепеняц, но форма на -ца закрепилась в русских документах как наиболее удобная для произношения. Таким образом, фамилия Пепеняца — не загадка, а прямой указатель на бахчеводов или торговцев из Молдовы, чьё прозвище стало родовым именем.