Фамилия Папенин образована от прозвища Папеня. Вероятно, оно ведет свое начало от нарицательного «папа» - «отец». Папеней могли окрестить мальчика, который воспитывался одним отцом или главу большого семейства, единственного кормильца. Менее вероятно, что прозвище восходит к болгарскому слову «папин», которое в переводе на русский язык имеет значение «тюрьма». В этом случае подобное прозвище мог получить человек, который был тюремщиком. Однако не исключено, что так могли называть и не чистого на руку человека. Иногда слово «папин» употреблялось в значении «недалекий человек». Поэтому прозвище могло говорить и о характере предка. Так и прозвище Папеня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Папенин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Папеня, со временем получил фамилию Папенин.