Фамилия Папеев — редкий случай, когда основа очевидна, а происхождение неожиданно. Вопреки первому впечатлению, она вряд ли связана со словом «папа» или «папин». Скорее всего, перед нами пример, когда уменьшительное имя образовали не от отцовской, а от материнской линии.

Корень здесь — «Папей». В русских говорах так могли называть ребёнка, чаще девочку, ласково: «Папейка» (от «папа» в смысле «отцовская дочка»). Но рабочая версия — отчество от крестильного имени Паппа или Папий. Это греческое имя (Πάππος) означает «дедушка» или «почтенный старец» и встречалось в святцах. В быту имя превращалось в Папей — так звали человека, а его сын становился Папеевым. Модель типична: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Папеев, то есть сын Папея).

Есть и другая, более бытовая гипотеза. В некоторых областях «папей» — диалектное прозвище поповича, то есть сына священника (от «папа» в значении «поп, батюшка»). Если предок был из духовного сословия, фамилия могла закрепиться как прозвище, а потом и родовое имя. Но против этого говорит редкость фамилии: массово поповичей звали Поповыми, а Папеев — штучный вариант, возможный в глухих деревнях.

Географически фамилия разбросана, но небольшими гнёздами встречается на Русском Севере и в Поволжье — там, где греческие имена через церковные записи проникали в крестьянскую среду. В дворянских родословных Папеевых нет, сословно это почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия.

По сути, Папеев — редкое отчество от редкого имени, которое могло быть и церковным, и домашним. В любом случае, предок носителя фамилии был не «папой», а человеком по имени или прозвищу Папей.