Фамилия Папеева — женская форма фамилии Папеев, и её происхождение стоит разбирать через мужской вариант. Сразу бросается в глаза необычный суффикс -еев. В русских фамилиях он встречается реже, чем стандартные -ов и -ин, и указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или йот. Здесь основа — «Папей», что и дало форму Папеев.

Корень «Пап-» почти наверняка восходит к крестильному имени Паппа, Папий. Это имя греческого происхождения, от слова «паппас» — отец. В раннехристианской традиции так называли уважаемых священнослужителей, а само имя встречается в святцах. Фамилии на -еев от имён на -ий (Андрей → Андреев, Матвей → Матвеев) — обычное дело, но вариант с «Пап-» редок. В этом случае фамилия означает «потомок Папия» или «сын Папия».

Есть и вторая, менее вероятная версия: прозвище Папей могло возникнуть от диалектного слова «папа» в значении «отец, батюшка» или «священник». В северных и сибирских говорах «папой» называли не только отца, но и старшего мужчину в общине. Если так, то Папеев — это «сын попа» или «сын уважаемого старика». Однако эта версия слабее: прозвища обычно образовывали фамилии через суффикс -ов (Попов), а не -еев.

Географически фамилия Папеева встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Чувашии, Татарстане, Башкортостане. Это не случайно: в этих регионах имя Папий и его народные формы были в ходу у крещёных татар и чувашей. Многие русские фамилии с корнем «Пап-» в этих местах имеют тюркское происхождение, но в случае с Папеевым греческая основа через православные святцы выглядит убедительнее.

Что касается сословной принадлежности, то по этой фамилии нет оснований говорить о дворянстве или купечестве. Скорее всего, носители фамилии — крестьяне или мещане, получившие фамилию по имени предка в XIX веке, когда массово закреплялись фамилии у сельского населения.