Фамилия Папеко — редкий для России случай, когда географический акцент ставится прямо в окончании. Суффикс -ко типичен для украинской и белорусской антропонимии, особенно для западных и центральных областей. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые образуются от притяжательных прилагательных, фамилии на -ко часто имеют уменьшительно-ласкательное значение или указывают на происхождение от прозвища. Папеко — не исключение.

Основа фамилии — Папе- — восходит к разговорной форме имени Павел. В польском, украинском и белорусском языках имя Павел дало множество народных вариантов: Папель, Папка, Папко. Фамилия Папеко, вероятнее всего, образована от прозвища Папек, которое, в свою очередь, произошло от папа — «отец». В диалектах слово «папек» могло означать «батюшка», «священник» или просто «отец семейства». Таким образом, Папеко — это «сын Папека», то есть потомок человека, которого в округе звали Папеком.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с польским словом papek — «папироса» или «цыгарка». В этом случае прозвище могли дать курильщику или торговцу табаком. Однако для славянской ономастики связь с именем Павел или с отцовским прозвищем выглядит убедительнее.

Встречаемость фамилии невысока. Основной ареал — запад Украины (Волынь, Галиция) и юго-восток Польши. В России Папеко — фамилия единичная, обычно принесённая переселенцами в XX веке. Среди носителей не зафиксировано громких исторических фигур, поэтому судить о сословной принадлежности предков сложно. Скорее всего, это были крестьяне или городские ремесленники, получившие фамилию по отцу.