Фамилия Пепоян — яркий представитель армянских фамилий, образованных по модели с суффиксом -ян. Этот суффикс, восходящий к древнему -янц («из рода такого-то»), в подавляющем большинстве армянских фамилий указывает на принадлежность к роду или происхождение от предка, чьё имя или прозвище стало основой. В случае Пепоян основа — Пепо (Пепо).

Само имя Пепо — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от армянского имени Петрос (Пётр). В армянском языке, как и во многих других, было распространено усечение имён с добавлением уменьшительных суффиксов: Петрос → Пепо. Таким образом, Пепоян дословно означает «потомок Пепо», то есть потомок человека, которого в семье или в общине звали уменьшительным именем от Петра.

В армянской ономастике есть и другая, менее распространённая, версия. Некоторые исследователи связывают основу «пеп» с диалектным словом «пепек» (пупок, пуповина) или с глаголом «пепел» (нянчить, воспитывать). Однако эта гипотеза слабая: прозвища от слова «пупок» в армянском встречаются редко и обычно носят иной характер. Версия с именем Петрос остаётся основной и самой логичной.

Географически фамилия Пепоян наиболее характерна для западных регионов исторической Армении, в частности для области Васпуракан (современная восточная Турция). После геноцида армян 1915 года носители фамилии расселились по всему миру, но значительная их часть оказалась в Армении (особенно в Ереване и областях Арарат, Армавир) и в диаспоре — в России, США, Франции и Ливане.

Социальный контекст фамилии Пепоян типичен для армянских родовых фамилий: она не указывает на конкретное ремесло или сословие, а лишь фиксирует родовую память о предке. Носители фамилии могли быть и крестьянами, и ремесленниками, и священниками — суффикс -ян сам по себе не несёт сословной окраски. Стоит отметить, что в русском языке фамилия склоняется по правилам мужского рода (Пепояна, Пепояну) и не склоняется в женском варианте, что нередко вызывает путаницу в документах.