Фамилия Пепякин — редкая и нестандартная с точки зрения привычной русской ономастики. Её основа «Пепяк» не встречается в церковных святцах, что сразу указывает: перед нами не крестильное имя, а прозвище или мирское имя. Самый прямой путь к разгадке — диалектное слово «пепяк». В ряде южнорусских и украинских говоров так называли петуха, причём не обычного, а с характерным пением или окрасом. Прозвище Пепяк могли дать человеку за голосистость, задиристый нрав или за манеру ходить, напоминающую петушиную.

Суффикс -ин указывает на модель образования: «чей сын?» — Пепякин, то есть сын Пепяка. Такая фамилия закрепилась в среде крестьян и посадских людей, где ремесленные или бытовые прозвища переходили в родовые имена. Географически фамилия тяготеет к регионам, где слово «пепяк» было в ходу: это Курская, Воронежская, Белгородская области, а также восток Украины. Встречаются единичные носители и в центральных областях России, но там фамилия могла возникнуть случайно, при переселении.

Есть и менее вероятная версия, связывающая основу с тюркским «пепек» (пятно, крапинка) — в таком случае прозвище могло относиться к рябому или веснушчатому человеку. Однако фонетика фамилии (мягкое «п» и ударный «я») скорее указывает на славянский, а не тюркский источник. В дореволюционных переписях Пепякины фиксируются как однодворцы и государственные крестьяне, то есть не были ни дворянами, ни крепостными. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной — её носителей можно пересчитать по пальцам. Это делает её особенно ценной для генеалогии: каждая ветвь Пепякиных, скорее всего, восходит к одному небольшому роду.