Фамилия Пердушкина — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована от прозвища, данного по физиологической особенности или поведению. Её основа — глагол «пердеть» (издавать кишечные газы), который в древнерусском языке имел нейтральное, бытовое значение, без современной бранной окраски. Прозвище Пердушка могли дать человеку, который часто и громко этим отличался — в среде крестьян и ремесленников такие прозвища не считались оскорбительными, а служили меткой приметой, как Хрипун, Шептун или Сопля.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пердушкин — «сын Пердушки» или «человек из семьи Пердушки». Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а/-я (ср. Пушкин от Пушка, Гагарин от Гагара). Форма на -ушк- (Пердушка вместо Пердок) — уменьшительно-ласкательный вариант, что нередко смягчало грубоватую основу: так могли называть ребёнка или младшего члена семьи, унаследовавшего прозвище.

Географически фамилия встречается редко, в основном в центральных и южных областях России. В дореволюционных переписях она фиксируется среди крестьян и мещан — дворянских родов с такой фамилией не было. Учитывая прозрачность корня, носители могли сознательно менять её в советское время на более благозвучные варианты, поэтому сегодня Пердушкина — фамилия малочисленная, но живая.

С точки зрения исторической ономастики, это не «грязная» фамилия, а честный след народной культуры, где телесные проявления не замалчивались, а служили частью бытового языка. Словарь русских фамилий (например, работы Б. Унбегауна) относит такие основы к разряду «физиологических прозвищ» — одной из древнейших групп русских фамилий, уходящих корнями в допетровскую эпоху.