Фамилия Пердушкин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не столько описывало характер или внешность, сколько фиксировало конкретное действие или физиологическую особенность. Вопреки ожиданиям, корень здесь не имеет отношения к современному грубому значению. В старых русских говорах слово «пердеть» означало не только «испускать газы», но и «трещать, издавать резкий звук» (например, о лопнувшей ткани или треснувшей доске). Прозвище Пердушка могли дать человеку с громким голосом, скрипучему или тому, кто постоянно что-то ломал и ронял с шумом.

Образование фамилии типично для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду. Пердушкин — буквально «сын Пердушки». Форма на -ушк- (с уменьшительно-ласкательным или пренебрежительным оттенком) характерна для прозвищ, которые закреплялись за младшими членами семьи или за людьми с яркой, запоминающейся чертой. Похожая модель — фамилии Ветрушкин, Сопешкин, Храпушкин, где основа — звукоподражательное прозвище.

В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается в основном среди крестьян и мещан Архангельской, Вологодской и Вятской губерний. В этих регионах слово «пердун» в местных говорах могло означать не только человека, но и вид гриба-дождевика (который при созревании «пердит», выпуская споры), а также болотный газ. Поэтому не исключено, что прозвище Пердушка мог получить человек, живший на болотистой местности, или сборщик грибов.

В отличие от многих «неблагозвучных» фамилий, Пердушкин никогда не был шуточным псевдонимом. Это документально зафиксированная фамилия реальных людей, которая не менялась при переписях. Её носители — потомки тех, кто получил прозвище за шумный нрав, громкий голос или специфическое занятие, а не за то, что сейчас вкладывают в этот корень. С точки зрения ономастики, фамилия ценна как пример того, как бытовое прозвище, утратившее первоначальный смысл, сохранилось в неизменном виде.