Фамилия Пердушков — один из тех случаев, когда звуковая форма кажется современному уху комичной или неблагозвучной, но за ней стоит совершенно конкретное и нейтральное для своего времени прозвище. Её основа — не глагол «пердеть», как может показаться на первый взгляд, а древнерусское слово «пердун» или «пердух», которое в старину означало не человека с расстройством желудка, а… барана или козла. В диалектах русского языка так называли самца-производителя, особенно крикливого или с характерным запахом, и это прозвище давали не за физиологию, а за поведение: шумного, бодливого, упрямого человека.

Модель образования простая и типичная для центральной России: прозвище Пердух (или Пердун) плюс притяжательный суффикс -ов, который превратил его в фамилию. Сначала Пердушков — это «сын Пердуха», то есть потомок человека с таким прозвищем. Суффикс -шк- в основе — уменьшительно-уничижительная форма (Пердушок, как «сынок» от «сын»), что указывает на то, что прозвище могли дать молодому парню, подростку или просто невысокому мужчине, которого в шутку сравнивали с бодливым козлом.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям — Архангельской, Вологодской, Костромской, где слово «пердун» в значении «баран» фиксируется в говорах. Встречаются также варианты Пердунов и Пердухин, но Пердушков — более редкая форма, сохранившая уменьшительный оттенок. В дореволюционных переписях её носители были преимущественно крестьянами и однодворцами, никакого дворянского сословия за ней не числится.

Никакой связи с современным табуированным значением у фамилии нет: это чисто зоологическое или поведенческое прозвище, каких в русской ономастике тысячи (сравните Козлов, Баранов, Жеребцов). В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные основы разбираются как типичные для «животных» прозвищ, и Пердушков стоит в том же ряду, что и, например, фамилия Пузанков или Брылёв — по внешнему или поведенческому признаку, который в XVI–XVII веках был обычным делом.