Фамилия Пердуткин — редкий пример того, как неблагозвучное современному уху прозвище стало основой для фамилии. Вопреки ожиданиям, её корень не связан напрямую с физиологией, а восходит к диалектному слову «пердуть» или «пердовать», которое в русских говорах означало «ворчать», «брюзжать», «говорить вздор» или «медлить, копаться». Таким образом, Пердуткой в старину могли прозвать не человека с расстройством пищеварения, а скорее ворчливого, недовольного или нерасторопного мужика.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Пердутк-» добавили суффикс притяжательности «-ин», указывающий на принадлежность роду. Пердуткин — буквально «сын Пердутки». Суффикс «-к-» в прозвище придаёт ему уменьшительно-уничижительный или бытовой оттенок, как в словах «ворчун — ворчунка», «брюзга — брюзгунка». Такая модель была характерна для крестьянской и посадской среды Северо-Восточной Руси, где прозвища давали по поведению, а не по профессии.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодчине, Костромской и Ярославской губерниям. Там слово «пердун» в значении «ворчун» фиксируется в местных говорах ещё в XIX веке. В южных говорах подобное прозвище могло иметь другое звучание, поэтому Пердуткины — почти наверняка потомки жителей именно северного или среднерусского региона.

В сословном отношении фамилия однозначно крестьянская или мещанская. В дворянские родословные книги она не попала, что логично: прозвище с бытовым корнем редко давали людям высокого статуса. В документах XVII–XVIII веков встречаются единичные упоминания крестьян Пердуткиных в писцовых книгах Вологодского уезда, но массовой фамилия не стала.

Стоит отметить, что из-за созвучия с современным табуированным словом фамилия часто подвергалась самоцензуре: в XIX веке некоторые носители могли менять её на более благозвучные варианты вроде Пердунов или Пердов, но корень оставался тем же. Сегодня фамилия встречается редко, и её обладатели нередко сталкиваются с курьёзными ассоциациями, хотя исторический смысл прозвища был куда прозаичнее — просто «ворчун» или «копуша».