Фамилия Пердулькин — редкий и, на первый взгляд, комичный пример того, как неблагозвучное прозвище стало официальным родовым именем. Её основа — глагол «пердеть», который в древнерусском языке и диалектах имел не только прямое физиологическое значение, но и переносное: «пустяки говорить», «врать», «хвастать». Человек мог получить прозвище Пердулька за пустословие, хвастовство или за несерьёзный, вздорный характер. Суффикс -ульк- в этом слове — уменьшительно-пренебрежительный, как в «катулька» (небольшая катушка) или «свистулька». То есть Пердулька — это не просто «пердун», а скорее «пустозвон», «мелкий враль», человек, которого не принимали всерьёз.

Модель образования фамилии стандартна для русских фамилий: к основе прозвища Пердульк- добавили суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Пердульки». Так из уличного прозвища выросла фамилия, закрепившаяся за потомками.

Версия о связи с диалектным словом «пердулька» (вид растения, например, одуванчик или борщевик) существует, но маловероятна. Такие названия обычно локальны и не давали фамилий — скорее всего, ботаническое имя вторично и тоже возникло из-за ассоциации с пустотой или лёгкостью.

Фамилия Пердулькин почти не встречается в исторических документах и современных телефонных справочниках — это штучный случай. Носители, скорее всего, происходят из одной крестьянской семьи Центральной России или Поволжья, где прозвища такого рода были обычны, но редко попадали в официальные переписи из-за неблагозвучия.