Фамилия Пердыквоняев — едва ли не самый яркий пример того, как прозвище, данное в насмешку, закрепилось в официальном родовом имени. Её основа — глагольная конструкция «пердык вонять», то есть «портить воздух зловонием». В крестьянской среде, где ценилась прямота и не было места жеманству, такое прозвище могли дать человеку с расстройством пищеварения или просто неопрятному, нечистоплотному мужику. Никакого тайного, «благородного» смысла здесь нет: это бытовая, грубоватая характеристика, каких в русской антропонимии сохранилось множество (сравните Смердяков, Запахов, Воняев).

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе на гласный (Пердыквоня-) прибавили суффикс -ев. Вариант с -ов здесь невозможен, так как основа не заканчивается на твёрдый согласный. Отчества и фамилии на -ев в XVI–XVII веках активно образовывались от прозвищ, которые в документах писались «со слуха», поэтому не стоит удивляться, что слово «пердѣкъ» (от «пердеть») и глагол «воняти» слились в одно целое. Вероятно, в исходной записи прозвище выглядело как «Пердыквоня» — императивная форма («перди и воняй»), со временем осмысленная как имя собственное.

Встречается мнение, что фамилия могла возникнуть из диалектного «пердык» (нечто вроде «пыхтелки» или «пукалки») и «вонять» в значении «издавать запах», но это не меняет сути: корень остаётся тем же. Альтернативная версия, связывающая фамилию с тюркским «перде» (занавес) или коми-пермяцкими основами, не выдерживает критики — слишком очевидна русская глагольная конструкция и прозрачная экспрессивная окраска.

География фамилии узкая. Основной ареал — южнорусские области (Курская, Воронежская, Ростовская), где диалектное произношение смягчало или редуцировало звуки. Встречаются единичные носители на Урале и в Сибири, куда фамилию могли занести переселенцы из чернозёмной полосы. В дореволюционных переписях она почти не фигурировала: крестьянам с таким прозвищем, скорее всего, при выдаче паспортов меняли её на более благозвучные варианты (Пердыкин, Квоняев, Пердунов), чтобы избежать насмешек. Сохранилась фамилия именно в тех родах, которые не стремились её скрывать или жили в глухих деревнях, где бюрократия фиксировала прозвище как есть.

С точки зрения социального статуса — это однозначно крестьянская фамилия, причём не из зажиточных слоёв. Дворяне или купцы с таким именем в истории не зафиксированы. Сейчас Пердыквоняевы — редкость, но не исчезающий вид: по данным открытых телефонных справочников, в России насчитывается около 30–40 человек с этой фамилией, преимущественно в сельской местности. Филологи и краеведы иногда приводят её как хрестоматийный пример «неприличной» русской фамилии, иллюстрирующий, что в народной ономастике не было табу на физиологические подробности.