Фамилия Перегабрий — один из тех редких случаев, когда носитель почти наверняка может определить своё происхождение, просто взглянув на окончание. Суффикс -ий в русских фамилиях встречается нечасто и почти всегда указывает на польское или западнорусское (белорусское, украинское) происхождение. В польской традиции фамилии на -ий (часто записываемые как -i) образовывались от прилагательных, и Перегабрий — не исключение. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, жил на территории Речи Посполитой, в землях современной Беларуси или Украины, и фамилия его была оформлена по польской модели.

Основа фамилии — «Перегабр-» — звучит необычно для русского уха и не имеет очевидной славянской внутренней формы. Скорее всего, это топонимическая фамилия, то есть образованная от названия места. В таком случае Перегабрий — это человек, выходец из населённого пункта с названием вроде Перегабры, Перегаброво или Перегабр. Географическое название могло быть связано с особенностями местности (например, с рекой или оврагом) или с именем владельца. Точных данных о существовании такого топонима в современных атласах нет, но в прошлом, особенно в мелких хуторах и усадьбах Западного края, подобные названия могли быть не зафиксированы в официальных реестрах.

Менее вероятная, но допустимая версия — прозвищное происхождение. Корень «габр» может восходить к диалектному слову, означающему горбатого, сутулого человека (сравните с украинским «горбатий» или польским «garbaty»). Приставка «пере-» в таком случае могла означать «очень» или «через край»: Перегабрий — «сильно горбатый». Однако эта версия слабее, так как прозвища с такой прозрачной семантикой обычно давали по более простой модели (Горбатый, Горбун), а не через сложное слово с польским окончанием.

Социальный статус первых носителей фамилии, скорее всего, был невысок. Фамилии на -ий в западнорусских землях часто носили крестьяне и мещане, а также мелкая шляхта (однодворцы), которая могла получить фамилию по названию своего имения или хутора. Если Перегабрий — шляхетская фамилия, то её носители принадлежали к так называемой «застенковой» шляхте — бедной, но гордой своим происхождением.

Современная фамилия Перегабрий — чрезвычайно редкая. Встречается она преимущественно на юге Украины (Одесская, Николаевская области) и в прилегающих регионах России, куда предки могли переселиться в ходе колонизации Новороссии в XVIII–XIX веках. В центральных и северных областях России она практически не фиксируется.