Фамилия Переина — на первый взгляд, простой пример «матронимической» модели, то есть образованной от женского имени. Но здесь есть неочевидный поворот. В русской традиции фамилии на -ин обычно происходят от мужских имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я (Гаврила → Гаврилин, Кузьма → Кузьмин). Однако Переина — исключение: её основа — женское имя или прозвище Перея.

Само имя Перея — редкая, просторечная форма канонического имени Пелагея. В народе Пелагею могли звать Паланей, Полагей, а в некоторых говорах — Переей. Это типичное для русской ономастики явление: усечение и перестановка звуков в длинных церковных именах. Если предка звали Пелагея, её сын или внук мог получить фамилию Переин — «чей?» — «сын Переи». Такие случаи, когда фамилия пошла от женщины, встречаются реже, чем от отца, но они есть, особенно если женщина была вдовой или главой семьи.

Другая версия, менее вероятная, но не исключённая — связь с диалектным словом «перей» или «перея». В некоторых русских говорах так называли перегородку, забор или даже спорную межу между участками. Прозвище Перея могли дать человеку, который жил у межи, или склочному соседу, постоянно спорившему о границах. Однако эта гипотеза слабее: слово «перея» в значении «межа» почти не фиксируется в письменных источниках, а имя Пелагея было повсеместно распространено.

Географически фамилия Переина встречается в основном в центральных и северных областях России — там, где имя Пелагея было особенно популярно в XVIII–XIX веках. Встречается и вариант Переин, но с окончанием -а он указывает на женскую линию или на форму родительного падежа в старых документах. Носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, и никакого отношения к знати не имели — это чисто народная, бытовая фамилия, возникшая в среде, где женщину звали по-простому, не по святцам.