Фамилия Перехренов — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, звучит для современного уха грубовато, но в прошлом не имело бранного оттенка. В её основе лежит нецензурное сегодня, но вполне обиходное в старину слово «хрен». Прозвище Перехрён (или Перехрен) мог получить человек, который, например, пересаживал или перекупал хрен — растение, широко использовавшееся в народной кулинарии и медицине. Однако более вероятная версия связана с переносным значением: «перехрён» — тот, кто перехреначил, то есть сделал что-то не так, перестарался или, наоборот, испортил дело. В диалектах слово «хрен» могло означать «упрямый, едкий человек», а приставка «пере-» усиливала это качество: перехрен — человек чрезмерно язвительный или настырный.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Перехрена). Таким образом, Перехренов — прямой потомок человека по прозвищу Перехрён. Интересно, что фамилия эта редкая и географически привязана в основном к южнорусским областям, особенно к бывшей Воронежской губернии — там фиксировались носители с таким корнем в XIX веке. Встречаются варианты написания через «ё» — Перехрёнов, что более точно передаёт произношение, но в документах чаще закрепилось написание через «е».

С точки зрения социального контекста, Перехреновы — скорее всего, крестьянский или мещанский род. Прозвища с корнем «хрен» не были редкостью среди простонародья: в словаре русских фамилий Б. Унбегауна упоминаются однокоренные Хренов, Хренников. Перехренов отличается от них именно приставкой, которая придаёт дополнительный оттенок действия или свойства. Если Хренов — просто «сын Хрена», то Перехренов — «сын того, кто перехренил», то есть прозвище более конкретное, ситуационное.

Споры о происхождении фамилии обычно сводятся к попыткам «облагородить» её через связь с растением. Но филологически вернее считать, что основой послужило прозвище человека с острым, колким характером — так же как фамилия Злобин пошла не от абстрактного зла, а от конкретного прозвища Злоба. В случае Перехренова приставка «пере-» подчёркивает избыточность этого качества.