Фамилия Перенец образована по той же модели, что и привычное нам Иваненко, где суффикс -енко означал «сын такого-то». Но в данном случае перед нами не отчество, а прозвище, указывающее на географическое происхождение человека. Перенец — это, скорее всего, выходец из селения с названием вроде Перены (такое есть в Молдавии), Перино или Пирино. Подобные именования по месту жительства были широко распространены: человека, переехавшего в другой край, называли по той местности, откуда он пришёл, и это прозвище закреплялось за ним и его потомками.

Основа фамилии — топоним, а вот чередование гласных «и» и «е» в корне (Перино → Перенец) возникло под влиянием местных говоров и произносительной нормы. В устной речи безударные гласные часто смешивались, и на письме закрепился тот вариант, который был привычен для окружения носителя фамилии. Таким образом, в самом написании Перенец сохранилась память о том, как звучало это прозвище в конкретной местности, а не в официальных документах.

Сам суффикс -ец в таких фамилиях выполнял роль указателя на принадлежность к месту: он активно использовался для образования имён жителей («перенец» — тот, кто из Перен). Позже, когда прозвище стало фамилией, оно застыло в своей первоначальной форме, не получив дополнительного патронимического суффикса — в отличие от более поздних образований вроде Перенцев или Перенко. Это делает фамилию Перенец относительно редкой и ценной для генеалогического поиска: она прямо указывает на конкретный регион, откуда пошёл род.