Фамилия Перепечёная — редкий случай, когда прилагательное в женском роде закрепилось в качестве наследственного именования. В русской традиции фамилии на -ая/-яя обычно получали женщины (жёны или дочери), а мужской вариант звучал бы как Перепечёный. Однако со временем, особенно если семья жила в местности, где фамилии передавались через женскую линию, или если носительницей была вдова с детьми, форма могла стать общей для всех потомков.

Основа фамилии — глагол «перепечь» или прилагательное «перепечёный». В прямом смысле это значит «тот, кого перепекли, заставили печь слишком долго», но в прозвищах и фамилиях редко бывает буквально. Скорее всего, Перепечёным (или Перепечёной) называли человека, который работал пекарем и отличался тем, что пережаривал хлеб, или, наоборот, предпочитал хорошо пропечённые корки. В русских говорах есть слово «перепёка» — так могли назвать упрямого, «зажаристого» человека, с которым трудно договориться.

С точки зрения словообразования, суффикс -ён- указывает на причастное происхождение, а окончание -ая — на женский род. Это сближает фамилию с такими именованиями, как Печёная, Солёная или Варёная, которые в прошлом могли быть прозвищами, данными по профессии или особенности характера. В отличие от более частых фамилий на -ов/-ев, эта форма сохранила архаичную грамматику, что делает её особенно ценной для историков языка.

Географически фамилия Перепечёная встречается редко и тяготеет к южнорусским и украинским областям, где причастные формы в фамилиях встречаются чаще, чем на севере. Встречаются единичные упоминания в документах XIX века на территории современной Воронежской и Ростовской областей. Точных данных о сословной принадлежности нет, но, судя по корню, предки были либо крестьянами, либо мещанами, занятыми в хлебопечении.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Перепёкин, Перепёлкин — показывает, что эти варианты образованы от названия птицы (перепел), в то время как Перепечёная явно связана с процессом печения. Путаница между ними возможна, но лингвистически они расходятся: птичья фамилия имеет суффикс -ин/-к-, а наша — причастный суффикс. Это надёжный маркер происхождения.