Фамилия Перинникова — женская форма фамилии Перинников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь типичная для русских фамилий: основа + суффикс -ов/-ев (или -ин, но в данном случае -ов). Суффикс указывает на принадлежность: Перинников — буквально «сын Перинника» или «из семьи Перинника». Мужская форма образована от прозвища или профессии Перинник.

Самая прямая и правдоподобная версия — профессиональное происхождение. «Перинник» в русских говорах — это мастер, который делал перины, то есть занимался набивкой и пошивом постельных принадлежностей: перин, подушек, пуховиков. Такое ремесло было распространено в городах и сёлах, где держали домашнюю птицу (гусей, уток) и добывали пух и перо. Перинник мог быть как самостоятельным мастером, так и работником в мастерской. Прозвище могли дать и человеку, который торговал перинами, или даже тому, кто любил поспать на мягком, но вторая версия менее вероятна — в основе фамилий чаще лежит ремесло, а не бытовая черта.

Есть и более редкая, спорная версия: связь с диалектным словом «перина» в значении «топкое место, болото» или «берег, заросший мхом». В некоторых северных и сибирских говорах «периной» называли моховую подушку на болоте. Тогда Перинником могли прозвать человека, жившего у такого болота, или того, кто собирал мох. Однако эта версия слабее профессиональной — она не объясняет суффикс -ник, который в русском языке активнее всего образует названия лиц по занятию (ср. плотник, сапожник, печник, шорник). Слово «перинник» как название мастера встречается в исторических документах по ремёслам, а вот «перинник» как «житель у перины-болота» — гипотетический окказионализм.

Географически фамилия Перинников встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, но чаще — в центральных и северных областях России, где было развито птицеводство и ремесло по обработке пера. В XIX веке носители фамилии записаны в Вятской, Пермской, Костромской губерниях — как раз в зоне промысла по заготовке пуха.

Фамилия Перинникова не относится к числу распространённых, но её происхождение прозрачно: это фамилия по занятию предка, который кормился ремеслом, связанным с пером и пухом. В ряду однокоренных фамилий (Перин, Перинов, Перов, Пухов) она стоит особняком — благодаря суффиксу -ник, который прямо указывает на человека, а не на предмет.