Фамилия Пертникова — женская форма фамилии Пертников, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов/-ев типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий. Основа «Пертник» указывает на род занятий или прозвище человека.

Корень «перт-» в русских говорах имеет несколько значений. Самое вероятное — связь с диалектным словом «перть», которое в северных и сибирских областях означало «баня по-чёрному», а также «землянка, лачуга, тёплое помещение для скота». В этом случае Пертником могли называть того, кто строил такие бани, истопника или человека, жившего в подобном жилище. Менее распространённая версия — происхождение от глагола «переть» (идти, наступать, тащить), тогда прозвище Пертник могло характеризовать упрямого, напористого или медлительного человека.

В ономастике фамилия редкая. Она не встречается в массовых боярских или дворянских списках, что говорит о её крестьянском или посадском происхождении. Географически фамилия Пертниковы зафиксирована преимущественно в северных регионах России (Архангельская, Вологодская области) и в Сибири, куда переселенцы принесли диалектную лексику. Это косвенно подтверждает версию о «перти» как о бане или землянке — в этих краях такой тип построек был распространён.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пертнев, Пертунин) показывает, что суффикс -ник характерен для обозначения лица по действию или предмету: банник — тот, кто парит в бане, или пертник — тот, кто имеет отношение к перти. Таким образом, предок носительницы фамилии Пертникова, скорее всего, был простым человеком, чья жизнь была связана с бытовым строительством или топкой бани, а прозвище закрепилось за его потомками в виде фамилии.