Фамилия Пермитина хранит прямую отсылку к месту, откуда был родом её первый носитель. Вопреки распространённому мнению, она связана не с фамилией «Пермяков», а с более древним словом «пермитин» — так в старину называли жителя Перми и окрестных земель. Это прозвище в мужском роде, Пермитин, и легло в основу фамилии, которая затем, применительно к женщинам, приобрела форму Пермитина.

Образование фамилии идёт по модели с суффиксом «-итин», которая была особенно продуктивна в Московском государстве в XV–XVI веках. По такому принципу создавали фамилии от названий городов: кто родом из Твери — тот Тверитин, из Углича — Углитин, а из Перми — Пермитин. Родоначальник Пермитиных, скорее всего, действительно был выходцем из этих мест, хотя не исключено, что прозвище закрепилось за человеком, который нёс военную или государственную службу на пермской территории.

Письменные источники фиксируют Пермитиных с начала XVII века, и это уже не единичные упоминания, а целая россыпь имён по переписям Верхотурского уезда 1624 года. Среди них посадский Лев Пермитин, владевший собственной лавкой на посаде Верхотурья, полковник Василий Пантелеевич Пермитин, живший в деревне Николаевского монастыря на реке Туре, и его зять Гуляй Малахиевич Пермитин. Перепись также называет крестьян: Василия Никитича с сыновьями Юрием и Федором, Алексея Ульяновича, Осипа Гавриловича, Якова Ильича и других. Уже тогда фамилия была распространена на Урале, и это объяснимо: Пермь и прилегающие территории были естественным центром притяжения для тех, кто носил это прозвище.

Переписи последующих десятилетий показывают, как род разрастался. В 1680 году учтены Иван Максимович с сыном Михаилом, Матвей Денисович, а также уроженец Кайгородка Лука Федорович с сыном Семеном и племянниками Иваном и Василием. К 1710 году относится упоминание братьев Ивана, Дмитрия, Дениса и Мелетия Степановичей из деревни Шатской и прихода Прокопьевской слободы — они считаются родоначальниками одного из родов Пермитиных. Любопытная деталь: перепись 1719 года записывает некоторых из них как Пермитовых, что говорит о вариативности написания в то время, когда фамилии ещё не устоялись окончательно.

В более поздних источниках фамилия встречается в Памятных книгах. Книга памяти Республики Удмуртия упоминает Алексея Андреевича Пермитина (род. 1872) из деревни Шадрино Сарапульского района и Семена Степановича Пермитина (род. 1884) из деревни Кулюшево. В Книге памяти Пермской области записан Федос Христофорович Пермитин (род. 1902) из села Исаково. Среди известных носителей фамилии — советский писатель и журналист Ефим Николаевич Пермитин (1895–1971), автор романов «Капкан», «Когти» и «Горные орлы». Его творчество — ещё одно подтверждение прочной связи фамилии с уральской землёй, давшей ей жизнь.